| 絶滅危惧植物の生育環境に関する考察 (レッドリスト関連) 藤井伸二 保全生態学研究 4 (1), 57-69, 1999 | 38 | 1999 |
| 芦生研究林枕谷におけるシカ摂食にともなう林床開花植物相の変化 藤井伸二 保全生態学研究 15 (1), 3-15, 2010 | 22 | 2010 |
| 琵琶湖岸の植物-海岸植物と原野の植物 藤井伸二 植物分類, 地理 45 (1), 45-66, 1994 | 13 | 1994 |
| 滋賀県西部におけるカツラカワアザミ (キク科) へのニホンジカの食害状況 (保全情報) 藤井伸二 保全生態学研究 12 (1), 66-71, 2007 | 7 | 2007 |
| 地方版レッドデータブックの成果と問題点 藤井伸二 保全と復元の生物学-野生生物を救う科学的思考, 95-107, 2002 | 7 | 2002 |
| 西の湖におけるヨシ群落の管理頻度と植生変化の関係 西村大志， 西川博章， 浜端悦治， 藤井伸二， 深町加津枝， 森本幸裕 ランドスケープ研究 75 (5), 435-440, 2012 | 6 | 2012 |
| 標本記録に基づいた近畿地方北部におけるキク科オナモミ属 3 種の過去の変遷 藤井伸二 保全生態学研究 14 (1), 67-72, 2009 | 6 | 2009 |
| 名古屋大学構内におけるエンシュウムヨウランの発見 吉野奈津子， 藤井伸二， 西田佐知子 名古屋大学博物館報告 21, 141-146, 2005 | 6 | 2005 |
| 生物の在・不在データをあつかう発見率を考慮した統計モデル 角谷拓 保全生態学研究 15 (1), 133-145, 2010 | 5 | 2010 |
| 三木茂博士寄贈水草腊葉標本目録 志賀隆， 藤井伸二， 瀬戸剛 大阪市立自然史博物館, 大阪, 2009 | 5 | 2009 |
| 植物からみた琵琶湖・淀川水系の特性 藤井伸二 とりもどせ! 琵琶湖・淀川の原風景, 68-80, 2009 | 5 | 2009 |
| 琵琶湖におけるミズヒマワリ (キク科) の侵入とその現状および駆除に関するノート S FUJII, T SHIGA, Y KANEKO, M KURIBAYASHI, N NOMA 水草研究会誌, 9-21, 2008 | 5 | 2008 |
| 近畿地方の植物分布に関する最近の知見と文献一覧 藤井伸二 分類 6 (2), 139-150, 2006 | 5 | 2006 |
| 1993 1994 年に採集された琵琶湖産水草標本目録と分類 生態ノート 藤井伸二 自然史研究 2 (11), 153-166, 1995 | 5 | 1995 |
| アサザの生育環境・花型・逸出状況と遺伝的多様性に関する追試 藤井伸二， 上杉龍士， 山室真澄 保全生態学研究 20 (1), 71-85, 2015 | 4 | 2015 |
| ハーバリウムにおけるローン制度と貸し出し方法 藤井伸二 種生物学研究 35, 377-390, 2012 | 4 | 2012 |
| 名古屋大学博物館野外観察園の植物標本リスト Ⅰ 春から夏咲く植物 西田佐知子， 吉野奈津子 名古屋大学博物館報告 20, 113-120, 2004 | 4 | 2004 |
| 琵琶湖におけるヤナギトラノオの分布 藤井伸二， 栗林実 水草研究会会報 70, 17-19, 2000 | 4 | 2000 |
| 近畿地方新産のヤナギトラノオとその分布 藤井伸二， 永益英敏， 栗林実 植物分類, 地理 50 (1), 142-145, 1999 | 4 | 1999 |
| 滋賀県で生育が再確認されたヌマゼリの生態 藤井伸二 植物分類, 地理 49 (2), 201-204, 1999 | 4 | 1999 |
